Кафедра организована в 2009 году, в связи с необходимостью усиления первичного звена оказания медицинской помощи. Целью создания кафедры явилось освоение теоретических знаний и практических навыков врачей общей практики в стационарной и амбулаторной хирургии, совершенствование умений ориентироваться в различных клинических ситуациях и оказывать хирургическую помощь всем группам населения вне зависимости от пола и возраста, развивать профессиональные и личностные качества необходимые для врача общей практики.

С момента основания и по настоящее время кафедрой руководит заслуженный врач Кыргызской Республики, доктор медицинских наук, профессор Мусаев Акылбек Инаятович.

Видные клиницисты КР подчёркивают необходимость обучать студентов-медиков навыкам обследования и лечения амбулаторных больных. Поэтому поиск оптимальных путей использования материальных ресурсов в здравоохранении является актуальной задачей в общей структуре реформирования данной отрасли в КР. Одним из таких организационных направлений является система так называемой «однодневной хирургии» или стационарозамещающей хирургии, развитию которой в системе амбулаторной и стационарной хирургической службы в настоящее время уделяется большое внимание. Основная задача и роль кафедры - это повышение оперативной активности в амбулаторно-поликлинических условиях и уменьшение сроков госпитализации больных на стационарной койке за счет использования малоинвазивных методик выполнения операций и внедрения новых форм организации лечебного процесса. Хирургическая служба при этом решает разнообразные задачи и, прежде всего- на раннюю диагностику заболеваний и на оказание полноценного лечения пациентам, которым не требуется госпитализация. Преподаваемые учебные дисциплины: амбулаторная хирургия, комбустиология, эндоскопическая хирургия в условиях поликлиники, симуляционное обучение, постдипломное обучение ВОП.

Под руководством проф. А.И. Мусаева с момента образовании кафедры защищены 16 кандидатских и 3 докторских диссертации, 1 академическая премия имени И.К. Ахунбаева, 14 монографии, более 1000 статьей, 200 рационализаторских предложений, более 20 патента на изобретения и методических рекомендации для студентов и врачей.

Кафедра длительное время ведет научную работу по многим направлениям: гнойная хирургия, синдром диабетической стопы, лечение грыж различных локализаций, диагностика и лечение заболеваний билио-панкреато-дуоденальной зоны, хирургическая паразитология.

На кафедре разработаны и усовершенствованы ряд методик диагностики и лечения синдрома диабетической стопы, грыж, заболеваний панкреато-билиарной зоны, паразитарных заболеваний брюшной полости, которые защищены патентами КР. Сотрудники кафедры активно участвуют в организации и работе научных форумов, конференций, рецензировании рукописей. Силами сотрудников кафедры ежегодно организовывается научно-практическая конференция по амбулаторной хирургии. 

1. Амбулаторная хирургия.
2. Комбустиология
3. Симуляционное обучение
4. КПВ «Эндоскопическая хирургия в условиях поликлиники»
5. КПВ «Дифференциальная диагностика гнойно-воспалительных заболевании кожи и подкожной жировой клетчатки»
6. КПВ «Экстренная помощь при ожогах»
7. Постдипломное обучение по специальности «Хирургия»