Кафедра патофизиологии была открыта в 1939 году д.м.н., проф. П.Я. Мытником. Патофизиология представляет собой интеллектуальную базу медицины, являясь основой врачебного мышления. На кафедре создан музей истории кафедры и сотрудники свято придерживаются традиций и научных направлений, которые были заложены ее основателями.  Так, д.м.н., проф. П.Я. Мытником, окончившего в США Калифорнийский Университет, фармацевтический и медицинский факультеты Петербургского психоневрологического медицинского института (1919 г.)  изучались вопросы экологии, патогенеза сахарного диабета; проф. Г.Л. Френкель (1952-1960 гг.) этиология и патогенез угрожающих состояний: электротравма, шок, ожоговая болезнь; проф. А.Ю. Тилисом  (1960-1986 гг.) реакции организма на солнечно-тепловое перегревание и вопросы адаптации к условиям высокогорья; проф. А.К. Кадыралиевым (1986-1994 гг.) -  особенности адаптивных процессов организма в условиях высокогорной гипоксии в ответ на острую потерю крови и при экспериментальном пороке сердца; проф.  Э.М. Исмаиловым (1995-1998 гг.) - вопросы этиологии и патогенеза высокогорного отека легких. Все они, бывшие заведующие кафедрой патофизиологии, были неординарными личностями, талантливыми педагогами и известными учеными. Ими написаны сотни научных статей, десятки монографий и подготовлена целая плеяда известных ученых, таких как Д.А. Алымкулов, Китаев М.И., Ахунбаева Н.И., Алиев М.А., Туркменов М.Т., Аралбаев Т.А., Алмерекова А.А.

Большой любовью и уважением пользовались известные доценты кафедры - это С.Б. Фабрикант, Т.И. Исаев, А.К. Казиев, Б.К. Кыдырмаев, и ныне здравствующий О.Ш. Шаимбетов и др.

- Патологическая физиология;

- Патология.

В настоящее время (с 1998 г.), на кафедре под руководством д.м.н., проф., Лауреата Государственной премии КР в области науки и техники Р.Р. Тухватшина проводится большая научно-педагогическая и общественная работа. Им опубликовано, в том числе и за рубежом, более 150 печатных работ: из них 6 монографий. Монография «Man-caused uranium pollution of Kyrgyzstan biospherem» (2005 г.) совместно с учеными из Японии. Результаты его исследований докладывались на Международных (Япония, Канада, Израиль, Москва, Киев, Тбилиси и др.) и Республиканских научных съездах и симпозиумах. Под редакцией Р. Тухватшина издано 7 рецензируемых сборников научных трудов, организован Международный симпозиум «Итоги и перспективы развития современной медицины в контексте XXI века», в котором приняли участие ученые из Индии,  Непала, Великобритании, Германии, Польши, России, Украины, Молдовы и др. Получено 7 патентов КР и России и 20 удостоверений на рационализаторские предложения;    лицензия №029 ФД МЗ КР на выпуск «ФЛОРИТЕСТА» по патенту № 960370 от 25.04.96 г. – налажено  его производство. Изобретения Р. Тухватшина затрагивают области медицины (фармацевтика, спортивная медицина), военной техники, дорожного строительства и неоднократно демонстрировались на ВДНХ б.СССР и ВДНХ КР (диплом №1198 ВДНХ СССР), он является членом Международной программы от КР «Современные проблемы радиобиологии: наука и практика» при Президиуме РАН г. Москва, членом редколлегии журнала «Радиация. Биология. Радиоэкология и журнала «Владикавказский медико-биологический вестник» Российской Академии наук; зам. редактора (1998-2002 гг.) журнала «Здравоохранение Кыргызстана».

Им читается полный курс лекций по патофизиологи студентам КГМА, мед.факультета ОшГУ и Кыргызско-Узбекского университета, прочитаны лекции в Торонтском университете (Канада) и поведен мастер-класс в Казахском медицинском университете им. С.Д. Асфендиярова. Издан за рубежом учебник «Гипоксия», вошедший в программу обучения студентов медицинских вузов России. Для студентов и врачей его научные результаты изложены в 15 методических рекомендациях.