16 апреля 1939 года было принято Постановление Совета Народных Комиссаров Кыргызской ССР, первый пункт которого гласил “Открыть с 1 сентября 1939 года в городе Фрунзе Кыргызский Государственный медицинский институт, с набором на 1 курс 200 человек студентов”. Фундамент высшей медицинской школы закладывали профессора и преподаватели из Москвы, Санкт - Петербурга, Харькова и Киева. В 1943 году состоялся первый выпуск студентов медицинского института - 120 врачей.

В организации института неоценимое содействие проявили 1-ый Московский, Ленинградский, Алма - атинский, Ташкентский и другие медицинские институты. Они оказывали консультативное и организационное содействие, обеспечивали медицинской литературой и направляли педагогические кадры для постоянной работы в институте. Были организованы кафедры истории КПСС и политэкономии, нормальной анатомии, биологии, гистологии, общей химии, физики, иностранных языков и другие, на которых работали 16 преподавателей. Во время Великой Отечественной Войны в Кыргызстан были эвакуированы 2-ой Харьковский медицинский и стоматологический институт и Московский стоматологический институт, которые влились в КГМИ. Тяготы военного времени затрудняли работу института. Были сокращены сроки обучения до 4-4,5 лет.

В 1943 году состоялся первый выпуск студентов нашего института в количестве 120 человек, и всего в этом году было выпущено 250 врачей. После окончания войны с 1948 года начался переход на 6-летний срок обучения. На 2-м курсе были введены государственные переводные экзамены по анатомии, гистологии, физиологии и биохимии. В 50-х годах прием в институт увеличился и начался переход на профильную подготовку врачей. В 60-х годах в институте был введен программированный контроль знаний с использованием технических средств. Разрабатывались научные основы изучения дисциплин: учебные элементы, уровни их усвоения, графологические структуры и др. В 70-х годах в решении проблем физиологии, патологии, адаптации организма к горным условиям медицинский институт становится ведущим в СССР. Связи с научными Институтами советских республик развертывались на качественно новой основе: составлялись договора о творческом сотрудничестве со многими НИИ и ВУЗами страны. На республиканских исследовательских базах и лабораториях под руководством ученых нашего института проводились совместные научные экспедиции.

В 80-х годах значительно совершенствуется учебно - методический и научно - исследовательский процесс. КГМИ по проблемам изучения горной медицины выходит на международную арену, что способствовало усилению интеграционных научных связей. В связи со структурными изменениями в 1996 г. указом Президента Кыргызской Республики институт реорганизован в Кыргызскую государственную медицинскую академию. 25 сентября 2008 года Указом Президента Кыргызской Республики Кыргызской государственной медицинской академии присвоено имя  И. К. Ахунбаева. Ректорат осуществляет меры по переходу академии к условиям рыночной экономики. Появляется контрактная система обучения. Идет модернизация учебно - методического и научного исследовательского процесса. С 2000 года в КГМА начато введение новых учебных программ, адаптированных к международным стандартам. В настоящее время в КГМА имеются лечебный, педиатрический, стоматологический факультеты, факультет по обучению иностранных граждан и Институты фармации, Высшего сестринского образования, Управления и общественного здравоохранения, Медицинское училище. Кроме того, функционируют Институт последипломного обучения КГМА, Научно - исследовательский институт фундаментальных проблем медицины и биологии и Центр Международного сотрудничества. Академия готовит врачей для стран дальнего и ближнего зарубежья, обучение ведется на русском и английском языках.

В разные годы директорами и ректорами КГМА были следующие профессора: 

1. Б. Я. Эльберт (1939-1940)
2. Ш. И. Удерман (1940-1941)
3. П .Л. Щупик (1941–1944)
4. С. К. Петухов (1944-1949)
5. И. К. Ахунбаев (1949-1952)
6. А. А. Айдаралиев (1952-1955)
7. Ф. Н. Нургазиева (1955-1962)
8. В. А. Исабаева (1962-1971)
9. С. Б. Данияров (1971-1987)
10. А. М. Мурзалиев (1987–1996)
11. И. К. Акылбеков (1996–2003)
12. Т. Мейманалиев (2003–2004)
13. Д. А. Адамбеков (2004–2008)
14. И. О. Кудайбергенова (2008-2009)
15. А. З. Зурдинов (2009–2016)
16. И. О. Кудайбергенова (2016 – по настоящее время)