КГМА им. И.К. Ахунбаева активно развивает международные связи с ведущими медицинскими университетами стран СНГ и дальнего зарубежья и имеет договора, соглашения и меморандумы о сотрудничестве с более чем 100 ВУЗами-партнерами. Наиболее активное сотрудничество ведется с вузами России, Китая, Казахстана, Узбекистана, Турции, Ирана, Европы и Южной Кореи через двусторонние соглашения и научно-образовательные проекты.
Активно ведется работа по развитию программ академической мобильности для учащихся и преподавателей. Студенты КГМА участвуют в международных научно-практических конференциях, студенческих олимпиадах и фестивалях.
Студенты КГМА имеют возможность проходить производственную практику в Университете Эрзинджан (Турция), в вузах России и Казахстана, а также посещать с ознакомительным визитом Хэбэйский медицинский университет (Китай).
Ежегодно в КГМА организуются и проводятся гостевые лекции и мастер-классы известных профессоров из зарубежных вузов В 2018 году состоялись гостевые лекции профессора Суреш Нарука из Индии, профессора Сегджу Лим из Южной Кореи и профессора Анапия Патсаева из Казахстана.
КГМА им. И.К. Ахунбаева поддерживает тесные связи с представительствами международных организаций и программ, таких как Всемирная Организация Здравоохранения (ВОЗ), Фонд "Сорос-Кыргызстан", Германская Служба Академических Обменов DAAD, Открытый Медицинский Институт OMI, Национальный Офис Программы Европейского Союза Эразмус+, Кыргызско-Швейцарский проект "Реформы медицинского образования" (MER). В рамках данных сотрудничеств реализуется проектная и информационная деятельность КГМА.
КГМА им. И.К. Ахунбаева является членом Международной Ассоциации Университетов и ассоциированным членом Консорциума Университетов Овьедо (Испания), Каролинска (Швеция) и Никосия (Кипр) в рамках Магистрской Программы Эразмус Мундус (EMMPHID).