Кыргыз ССР 1939-жылдын 16-апрелиндеги Элдик Комиссарлар Кеңешинин Токтому кабыл алынып, анын 1- пунктунда “1939-жылдын 1-сентябрынан Фрунзе шаарында Кыргыз мамлекеттик медициналык институту ачылсын жана 1-курска 200 студент кабыл алынсын” деп айтылган. Жогорку медициналык окуу жайдын пайдубалын курууга Москва, Санкт-Петербург, Харьков жана Киев шаарларынан профессорлор жана окутуучулар көмөктөшкөн. 1943-жылы 120 дарыгер медициналык институттун алгачкы бүтүрүүчүлөрү болушкан.

Институттун уюмдарына биринчилерден болуп Москва, Ленинград, Алма-Ата, Ташкент жана башка медициналык институттар баа жеткис көмөктөшүүнү көрсөтүшкөн. Алар кеңеш берүү жана уюштуруу жагынан жардам көрсөтүшүп, медициналык адабияттар менен камсыз кылышкан жана институтка туруктуу иштөө максатында тажрыйбалуу педагог - адистерди жиберишкен. ССКП тарыхы жана политэкономия, нормалдуу анатомия, биология, гистология, жалпы химия, физика, чет тилдер жана башка кафедралар түзүлүп, болгону аларда 16 окутуучу эмгектенишкен. Улуу Ата-Мекендик Согуш учурунда Кыргызстанга экинчи Харьков медициналык жана стоматологиялык институту менен Москва стоматологиялык институту көчүрүлүп, Кыргыз мамлекеттик медициналык институтуна кошулган. Согуш учурундагы кыйынчылыктар институттун жумушуна тоскоолдуктарды жаратып, окуу мөөнөттөрү 4 - 4,5 жылга  чейин кыскартылган.

1943-жылы медициналык институтту 120 студент бүтүрүп, жалпысынан ошол жылы 250 дарыгер чыгарылган. Институтту бүтүрүү мөөнөтү согуш аяктаган соң 1948-жылы 6 жылдык мөөнөткө өткөн. Экинчи курстан баштап анатомия, гистология, физиология жана биохимия боюнча мамлекеттик которулуу сынактары киргизилген. 50-жылдары институтка кабыл алуулар көбөйгөндүктөн, дарыгерлерге кесиптик даярдоо иштерин башташкан. 60-жылдары институтта техникалык каражаттарды колдонуу менен билимди программалык текшерүү жумуштары киргизилип, дисциплинанын илимий изилдөө негиздери иштелип чыккан: окуу элементтери, аларды өздөштүрүүнүн деңгээлдери, графологиялык түзүмдөрү жана башкалар. 70-жылдары медициналык институт физиологиянын, патологиянын, организмди тоолуу шарттарга көндүрүү маселесин чечүүдө СССР аймагында  алдыңкы орунда турган. Советтик Республикалардын илимий Институттары менен өлкөнүн көпчүлүк жогорку окуу жайлары жана илимий изилдөө институттары чыгармачылык кызматташуу боюнча келишимдер түзүшкөн. Республикалык изилдөө базаларында жана лабораторияларында биздин институттун окумуштууларынын жетекчилиги астында биргелешкен илимий экспедициялар өткөрүлүп турган.

80-жылдары окуу-методикалык жана илимий изилдөөлөрдүн жүрүшү олуттуу жакшыртылган. КММИ тоолуу медицинанын изилдөө маселелери боюнча интеграциялык байланыштарды күчөтүү максатында эл аралык аренага чыгышкан. Структуралык өзгөрүүлөргө байланыштуу 1996-жылкы Кыргыз Республикасынын Президентинин Жарлыгы менен институт Кыргыз мамлекеттик медициналык академиясына реорганизацияланган. 2008-жылдын 25-сентябрындагы Кыргыз Республикасынын Президентинин Жарлыгы менен Кыргыз мамлекеттик медициналык академиясына И.К. Ахунбаевдин ысымы ыйгарылган. Ректорат академияга өтүү чараларын рынок экономикасынын шарттарында ишке ашырат. Андан кийин контрактык окутуу системасы пайда болгон. Окуу – методикалык жана илимий изилдөөлөрдүн жүрүшүн модернизациялоо иштери жүрөт. КММА 2000-жылы эл аралык стандарттарга  ылайыкташтырылган жаңы окуу программаларын киргизүүнү баштаган. Бүгүнкү күндө КММА дарылоо, педиатрия, стоматология, чет элдик жарандар факультети жана фармация институттары, жогорку медайымдык билим берүү, коомдук саламаттыкты сактоо жана башкаруу факультеттери жана медициналык окуу жайы бар. Андан сырткары КММА дипломдон кийинки билим берүү  институту, медицина жана биологиянын фундаменталдык маселелери боюнча илимий изилдөө институту жана Эл аралык кызматташуу борбору иштейт. Академия жакынкы жана алыскы өлкөлөрдүн жарандарын дарыгерликке окутат, окутуу орус жана англис тилдеринде жүргүзүлөт.

КММА директордук жана ректордук кызматында иштегендер:

1. Б. Я. Эльберт (1939-1940-жж.),
2. Ш. И. Удерман (1940-1941-жж),
3. П .Л. Щупик (1941–1944-жж.),
4. С. К. Петухов (1944-1949-жж.),
5. И. К. Ахунбаев (1949-1952-жж),
6. А. А. Айдаралиев (1952-1955-жж.),
7. Ф. Н. Нургазиева (1955-1962-жж),
8. В. А. Исабаева (1962-1971-жж),
9. С. Б. Данияров (1971-1987-жж.),
10. А. М. Мурзалиев (1987–1996-жж.),
11. И. К. Акылбеков (1996–2003-жж),
12. Т. Мейманалиев (2003–2004-жж.),
13. Д. А. Адамбеков (2004–2008-жж.),
14. И. О. Кудайбергенова (2008-2009-жж.),
15. А. З. Зурдинов (2009–2016-жж.),

И. О. Кудайбергенова (2016 –жылдан бүгүнкү күнгө чейин)