КММИ нун аскердик бөлүмү Улуу Ата Мекендик согуштун башталышында  1941- жылдын октябрында түзүлгөн. Ошол убакта СССРдин фронтторунда оорулууларга, жарадар болгондорго медициналык жардам көрсөтүүнүн негизинде адистердин жетишсиздигинен улам уюштурулган.

Алгач “Санитардык коргоо” бөлүмү болгон, 1942-жылы “Аскердик-санитардык даярдык” бөлүмү болуп которулат. Ал эми 1944-жылдан тартып “Аскердик-медициналык даярдык” бөлүмү болуп калат.

Аскердик бөлүмдүн алгачкы башчылары: профессор Стереин Э.Я., Петерсон В.К., м/к полковниги Тюняев С.П., Шведко П.Д., Култджанов И.Л., Бадалов В.А., Веренок И.Л., Юрченко П.А., Дидиченко В.М., Дергунов А.В., Идирисов А.Н., ., Исмаилов А.А., Женалиев Т.Б. Эргешов Э.М. Калилов К.Ж.

Азыркы убакта аскердик медициналык даярдык жана экстремалдык медицина бөлүмүнун башчысы – м/к полковниги Калилов Курманбек Жакыпович;

Окуу бөлүмүнун башчысы- м/к запастагы подполковник Амракулов Мырзабек Жайчибекович.

Окутуучулар курамы бардыгы болуп -   14 медицина кызматкерлеринен турат.

1. Жалпы аскердик даярдык. ( ОВП) .
2. Медицина кызматын уюштуруу жана тактика. (ОТМС).
3. Аскердик токсикология  жана  медициналык коргоо.  (ВТМЗ).
4. Экстремалдык медицина (ЭМ).

И.К.Ахунбаев атындагы КММАнын  кундүзгү бөлүмүндөгү  студенттерди запастагы офицерлердин программасы боюнча аскердик даярдоо КР Куралдуу Кучтөрү үчүн запастагы офицерлерди даярдоо максатында уюштурулган.