Основным направлением в работе юридического отдела КГМА является юридическое сопровождение деятельности академии, как субъекта комплекса правоотношений, участником которых является образовательная организация высшего образования при осуществлении образовательной деятельности по образовательным программам высшего образования и научной деятельности.
Задачами юридического отдела являются:

1. Обеспечение соблюдения и укрепление законности в деятельности академии.
2. Обеспечение правовыми средствами исполнения обязательств по действующим и заключаемым договорам.
3. Защита законных прав, интересов и деловой репутации академии, в том числе в судебном порядке.
4. Активное участие в разработке и осуществлении мер, направленных на соблюдение законодательной и договорной (контрактной) дисциплины.
5. Улучшение юридического качества локальных (внутренних) нормативных актов академии, приведение их в соответствие к действующему законодательству и подзаконным нормативно-правовым актам.
6. Систематизация и контроль исполнения локальных (внутренних) нормативных актов.

Управление кадровой, юридической работы и делопроизводства было создано в 2007 году по решению Ученого совета в целях улучшения организационной структуры административно-управленческого аппарата КГМА и контроля над документооборотом.

Первым начальником управления стала Гетманская Юлия Александровна. С 2009 по 2014 года начальником работал Джолдошев Алмазбек Темирбекович. С 2014 года управление кадровой, юридической работы и делопроизводства возглавлял Исмаилов Анвар Исмаилович.

Управление кадровой, юридической работы и делопроизводства состояло из сектора кадровой работы, сектора кадровой работы со студентами, сектора юридической работы, сектора делопроизводства.

Юридический отдел является структурным подразделением Кыргызской государственной медицинской академии имени И.К.Ахунбаева (КГМА), созданным для правового обеспечения деятельности КГМА и защиты ее интересов при взаимоотношениях с государственными органами, юридическими и физическими лицами.

В целях совершенствования организационной структуры Приказом ректора КГМА от 12 июля 2018 года №186 юридический отдел и отдел кадровой работы с сотрудниками объединены в Отдел юридический и кадровой работы КГМА.

В целях повышения качества системы управления и эффективности образовательного процесса в КГМА им.И.К.Ахунбаева Приказом ректора КГМА от 4 октября 2022 года  №347 Отдел юридической и кадровой работы КГМА реарганизован на два структурных подразделения Отдел кадров и Юридический отдел.

Штатный состав отдела состоит из 2 единиц.