Профсоюзный комитет сотрудников КГМА - является некоммерческой организацией, имеет статус юридического лица и создан в форме учреждения. Профком является структурным подразделением Центрального Комитета Профсоюза работников здравоохранения КР, и функционирует в рамках Устава профсоюза работников здравоохранения КР и Положения о профсоюзной организации КГМА, зарегистрированных в органах Министерства юстиции КР.

Профком КГМА пользуется защитой отраслевого Профсоюза, принимает на себя обязательства, определенные его Уставом, совместно с ним принимает участие в реализации национальных правительственных программ, программ и действий профсоюзов Кыргызстана. Профком КГМА независим в своей деятельности от работодателя, органов управления академии, государственных органов и политических партий; им не подотчетен и не подконтролен, строит свои отношения с ними на основе равноправного сотрудничества и принципов социального партнерства. Профсоюз КГМА осуществляет свою деятельность в рамках своих уставных задач, определённых действующим законодательством КР. Профсоюзный комитет представляет, выражает и защищает профессиональные, трудовые и социально экономические права и интересы членов профсоюза в их отношениях с государственными, хозяйственными, политическими и общественными организациями. Проявляет заботу об охране труда и здоровья сотрудников.

При профсоюзном комитете успешно работают комиссии: по охране труда и технике безопасности, по социальному страхованию и экономической защите сотрудников, по жилищно-бытовым вопросам, по организационно-массовой и культурной работе и по спортивно-оздоровительной работе. Комиссии направляют свою деятельность на активную защиту трудовых прав и социально-экономических интересов работников медакадемии.

Председателями профкома были: профессор Б.С.Мамбеталиев (1980-1983г.г.), доцент Э.А.Аджикулов (1983-1986 г.г)., профессор М.А.Айманбетов (1986-1989г.г), доцент А.А.Асамбаев (1989-1991г.г., 2005-2008г.г.), профессор Касымов О.Т.(1991-1996г.г.), доцент Н.И.Козловский (1996-2005г.г.), доцент С.А.Абдырасулов (2008-2018г.г.).

С января 2018 года председателем профсоюзного комитета является заведующий кафедрой физвоспитания Иманходжаев Д.А.