Подготовка аспирантов и докторантов КГМА осуществляется в соответствии с действующей номенклатурой специальностей научных работников. Аспирантура в КГМА функционирует на бюджетной и внебюджетной основе с отрывом от производства (очное) и без отрыва от производства (заочное обучение).

Кандидаты, поступающие в аспирантуру, сдают вступительные экзамены: по специальности, кыргызскому языку, иностранному языку и философии.

Зачисление производится приказом ректора по решению конкурсной комиссии с учетом результатов вступительных экзаменов каждого претендента.

Обучение ведется только на русском языке, очно (срок обучения 3 года) и заочно (4 года) на бюджетной и контрактной основах.

Срок обучения в докторантуре составляет 5 лет

За проявленные способности в научной деятельности аспиранты и докторанты академии неоднократно становились лауреатами конкурсов Министерства образования и науки КР на соискание специальных государственных стипендий (стипендия президента КР и стипендия правительства КР, президентская стипендия для обучения за рубежом).

Актуальность и значимость проводимых научных исследований подтверждает и тот факт, что аспиранты участвуют в работе международных научных конгрессов и семинаров.

Наряду с кыргызскими специалистами в аспирантуре академии успешно выполняют диссертационные исследования граждане иностранных государств (Казахстан, Российская Федерация, Индия и др.).