КГМА прошла институциональную аккредитацию в статусе высшего профессионального образования (специалист) и послевузовского профессионального образования (ординатура) до 19 июня 2025 года приказом Агентства по аккредитации образовательных программ и организаций (ААОПО). Прошло аккредитацию также медицинское училище при КГМА.

Помимо того, Медакадемия обеспечила первое место по основным образовательным направлениям среди вузов-участников рейтинга Независимого агентства аккредитации и рейтинга (НААР).