Сегодня, 5 сентября 2019 года между Медакадемией Кыргызстана имени И.К. Ахунбаева и Государственным комитетом по делам обороны Кыргызской Республики подписан договор о сотрудничестве. 
В соответствии с подписанным договором стороны принимают на себя обязательства по организации практического обучения ординаторов, подготовке и переподготовке медицинских кадров на базе военных госпиталей Бишкекского и Ошского гарнизонов, военной поликлиники столицы республики в качестве клинической базы вуза.

В договор включены пункты о проведении совместной работы по совершенствованию качества медицинской помощи военнослужащим, военным пенсионерам, служащим Вооруженных Сил страны, членам их семей, а также об оказании медицинской помощи военному контингенту с использованием имеющейся в военно-лечебных учреждениях ведомства и КГМА диагностической, лечебной и другой аппаратуры и оборудования.
На базе военно-лечебных учреждений ГКДО КР проводится учебно-педагогический процесс для клинических ординаторов Медакадемии.